Иоанн Эфесский является автором значительного количества произведений, большая часть которых канула в Лету в связи с поражением того религиозного течения, адептом которого выступал Асийский епископ:
1. «Книга о гонении», не дошедшая до наших дней, но упоминаемая Иоанном Эфесским в 35-й «истории святых». Вероятно, она была создана в 536/537 гг., во время пребывания Асийского епископа в монастырях «Тополей» и «Орехов».
2. «Воспоминания о чуме, бывшей по всей земле, особенно же в странах южных», написанные между 541 и 543 гг., повествующие об ужасной чуме 542 г. О содержании трактата можно судить по сочинениям позднейших компиляторов – Псевдо-Дионисия и Михаила Сирийца.
3. «Книга историй о житиях святых восточных», созданная в 566–568 гг.
4. «Церковная история» в трех частях, работа над которой относится к 566–585 гг.
5. «Апология к восточному собору и ко всем сонмам верующих», рассказывающая о церковной унии 571 г. и последовавших за ней гонениях, созданная между 571 и 575 гг.
6. Несколько посланий, связанных с богословскими спорами [184, С. 276; 996, С. 166–171].
Оценка литературной деятельности Иоанна Эфесского дана Н.В. Пигулевской:
«В биографии Иоанна как будто нет места для систематической, углубленной работы, для чтения и писания. Однако литературное наследство, оставленное Иоанном, обширно, особенно если принять во внимание и те его работы, которые до нас не дошли. В трудах его видна хорошая осведомленность относительно событий, современником которых он был» [1713, С. 201].
А.П. Дьяконов отмечал:
«Полная труда и борьбы жизнь Иоанна не помешала ему проявить довольно широкую литературную деятельность. Человек склада практического, лишенный основательной литературной подготовки, он, тем не менее, отдавал свои частью вынужденные досуги писательству. К этому его побуждала с одной стороны прирожденная наблюдательность, выражавшаяся в стремлении собирать достопримечательные факты и записывать их на родном языке «на память» о себе и соплеменникам, с другой стороны горячая ревность монофисита и восточного монаха, защищавшего свои идеалы всеми доступными средствами…» [996, С. 166].
Многие сочинения Иоанна Эфесского до наших дней не сохранились, да и сама «Церковная история», содержащая свидетельства о славянах, может быть исследована отнюдь не в первозданном своем виде.