К началу 90-х годов прошлого века устарела и система выплат работникам при страховых случаях (преимущественно за счёт профсоюзных взносов и в некоторых случаях за счет работодателя). В период 1992–1994 гг. сформировался Фонд социального страхования Российской Федерации (ФСС РФ), региональные отделения которого выделились из отделов социального страхования областных и краевых советов профессиональных союзов; Фонд контролировал сбор страховых взносов и их расходование, то есть выплаты страховых пособий бухгалтериями предприятий-страхователей, учитывавших на отдельных счетах основную часть страховых взносов. Правильность расходов не реже одного раза в 3 года проверялась ревизорами Фонда социального страхования, в случае отсутствия нарушений суммы принимались к зачёту в счёт расходования средств Фонда; эта так называемая «зачетная» система расходования средств социального страхования остается и в настоящее время в большинстве регионов Российской Федерации, за исключением «пилотных», в которых поэтапно осуществляется переход на выплату страховых пособий непосредственно в Фонде социального страхования.
В разные периоды менялся порядок контроля за организацией и проведением экспертизы временной нетрудоспособности: в начале 90-х годов контроль осуществлялся профсоюзами совместно с органами управления здравоохранением, с 1995 по 1998 г. проводились преимущественно внутренний и ведомственный виды контроля, с октября 1998 г. согласно «Инструкции о порядке осуществления контроля за организацией экспертизы временной нетрудоспособности» (приказ Министерства здравоохранения Российской Федерации и Фонда социального страхования Российской Федерации от 06.10.1998 г. № 291/167) – органами управления здравоохранением, лицензирующими органами и специалистами Фонда социального страхования (утратил силу с 06.03.2013 г.); с 2007 г. контроль за данным видом медицинской деятельности проводился кроме того Федеральной службой по надзору в сфере здравоохранения и социального развития (в соответствии с административным регламентом, утвержденным приказом Минздравсоцразвития Российской Федерации от 31.12.2006 г. № 900) совместно со специалистами Фонда социального страхования. В настоящее время Фонд самостоятельно выполняет эти контрольные функции.
Выплаты страховых пособий осуществляются в соответствии с Федеральным законом «Об обязательном социальном страховании на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством» от 29.12.2006 г. № 255-ФЗ (в редакциях); данным документом внесены изменения в существовавший ранее порядок обеспечения пособиями: расчетный период для исчисления среднего заработка составляет два года, предшествующие году наступления временной нетрудоспособности, отпуска по беременности и родам; среднедневное пособие рассчитывается с учетом страхового стажа: до 5 лет – 60 %, от 5 до 8 лет – 80 %, свыше 8 лет – 100 % (за исключением производственной травмы, профессионального заболевания, отпуска по беременности и родам, при которых вне зависимости от стажа пособие выплачивается из расчета 100 % среднего заработка), умножается на количество календарных дней листка нетрудоспособности, начисленная сумма за вычетом подоходного налога выплачивается работнику. Оплата первых трех дней временной нетрудоспособности при заболевании и бытовой травме осуществляется за счет средств работодателя, с четвертого дня – за счет страховых взносов, оплата других страховых случаев – с первого дня за счет средств Фонда социального страхования; при наличии у гражданина нескольких мест работы (на условиях внешнего совместительства) пособие выплачивается по всем местам работы. Ежегодно в законодательном порядке устанавливается ограничение суммы пособия по временной нетрудоспособности, беременности и родам, которое может быть выплачено работнику за календарный месяц.
Работающим инвалидам пособие по временной нетрудоспособности выплачивается не более четырех месяцев подряд и пяти месяцев суммарно в календарном году (за исключением случаев заболевания туберкулезом); гражданам, у которых заболевание или травма наступили в течение 30 дней после прекращения трудовой деятельности (по любым основаниям), листок нетрудоспособности подлежит оплате из расчета 60 % среднего заработка.
По общим правилам срок обращения за пособием не может превышать шесть месяцев после окончания периода временной нетрудоспособности, отпуска по беременности и родам, за исключением уважительным причин более позднего обращения за выплатой (приказ Минздравсоцразвития Российской Федерации от 31.01.2007 г. № 74). Пособие по временной нетрудоспособности, беременности и родам должно быть рассчитано в течение 10 дней со дня сдачи листка нетрудоспособности и выплачено в ближайший день выдачи заработной платы.
Своевременная выплата пособий работающим гражданам в страховых случаях временной нетрудоспособности и в связи с материнством, установленная законодательно, была и остается одной из главных задач системы социального страхования в Российской Федерации.