Река Ангара имеет очень малый сток. Мутность реки в естественном состоянии составляла от 25 до 50 г/м3. Твердый сток в створе Богучанской ГЭС уменьшился в связи с постройкой вышележащего Усть-Илимского водохранилища.
Недостаток насыщения реки наносами ниже плотины, являющийся следствием отложения их в водохранилище, восполняется размывом русла реки, с которым приходится считаться.
Расчеты показали, что при расходе воды 1 % обеспеченности Q = 11950 м3/с дно реки в нижнем бьефе Богучанской ГЭС в пределе понизится на 0,9 - 1,2 м, непосредственно за сооружением на 0,8 - 1,0 м [5].
Подъем уровня грунтовых вод после затопления водохранилища вызывает такие отрицательные последствия, как заболачивание и засоление почвы в лесостепной и степной зонах, ухудшение санитарного состояния местности.
Влияние подъема уровня грунтовых вод на прилегающей к водохранилищу территории прекрасно выявляется реакцией древесного яруса, т.е. изменением текущего периодического прироста по диаметру, высоте и объему за период до и после образования водохранилища. Отрицательное влияние в сильной степени прослеживается обычно до высоты 0,5 - 1,0 м над НПУ, а умеренное и слабое подтопление - до высоты 2,5 - 3,0 м.
В работе [37] дана оценка продуктивности сосновых древостоев на побережье Новосибирского водохранилища в зависимости от изменения местного климата. В зоне климатического влияния в результате снижения максимальных и дневных температур воздуха на 0,5 - 1,8 % в летний период, увеличения на несколько дней продолжительности безморозного периода, увеличения относительной и абсолютной влажности воздуха в течение всего вегетационного периода, увеличения скорости ветра прирост возрос на 18 %, а в поясе совместного влияния климатического и слабого подтопления - на 64 %. Значительное снижение прироста наблюдалось в зоне рекреации и поясе подтопления.