При анализе подтопления в районе влияния ГТС следует различать первичное подтопление территорий - собственно от влияния водохранилища, и вторичное - от совместного воздействия водохранилища и других техногенных факторов. Первичное подтопление может быть связано с ошибочным прогнозом проницаемости пород или же с нарушением работы противофильтрационных и дренажных устройств. Вторичное подтопление в значительной мере определяется влиянием окружающей среды. При этом особенно интенсивно могут подтапливаться территории предприятий, работа которых сопровождается большим потреблением воды в технологическом процессе.
Водохранилища в большинстве случаев создают подпор грунтовым водам, и подземные воды оказывают дополнительное воздействие на склоны. Появляются оползни, обвалы. Все эти процессы проходят особенно интенсивно при быстром спаде уровня воды в водохранилище. Возможны также случаи заболачивания берегов или образования солончаков. В этом случае возникает необходимость защиты промышленных предприятий, жилых массивов путем устройства постоянно действующего дренажа.