Загрязнение вод может быть химическим, биологическим, бактериальным, естественно-органическим, механическим (включая зарастание водоемов высшей водной растительностью, загрязнения плавающими телами и наносами) и тепловым. В особо опасных масштабах загрязнения акваторий и территорий часто с непредсказуемыми последствиями происходит при разрушениях напорных гидросооружений, а также при промывах водохранилищ от наносов.