Сине-зеленые водоросли забивают фильтры водозаборных сооружений, могут вызвать массовый замор рыбы, делают воду непригодной для ряда производств. При сильном цветении водохранилища становятся непригодными для рекреационных целей. Борьба с цветением воды является актуальной, очень сложной и дорогостоящей проблемой. Решение ее идет в двух направлениях: уменьшение концентрации сине-зеленых водорослей непосредственно в водохранилищах, для чего применяют механические, химические и биологические методы.